Tropiący zjawiska paranormalne, agenci Mulder i Scully powracają w kontynuacji kinowej wersji legendarnego serialu TV. “Z Archiwum X” zawsze było pełne tajemnic - fabuła najnowszego filmu jest jedną z nich. W zasadzie nie znał jej nikt, poza głównymi twórcami i aktorami. Wiadomo tylko tyle, że nadprzyrodzony thriller był wzorowany na najpopularniejszych odcinkach serialu, a zawiła relacja między Foxem Mulderem i Daną Scully komplikuje się jeszcze bardziej. Mulder nadal szuka prawdy, i wciąga w to Scully, nieprzeciętnie inteligentną lekarkę.